因为特发性的膜性肾病有其特殊性，有一部分患者可能存在着较大的肾功能恶化的可能，也有部分患者存在着病情可以自发缓解。而且特发性膜性肾病的自然病程长，所以目前尚无特效的治疗，因此选择适当的治疗时机非常重要。要考虑的因素有：适应症，即什么样的患者可能在远期发展为终末期肾脏病，而需接受免疫制剂治疗；禁忌症，即什么样的患者可能副作用超过疗效，何时选择何种治疗方案。
绝大多数学者赞同，对有发展为终末期肾脏病的倾向的高危患者应尽早治疗，而对不具有高危因素的患者给予一段时间的观察期，多半在六个月。一是他们可在不面临严重的药物副作用的情况下，获得自然缓解。北京大学第一医院根据已有的循证医学证据，结合自己的临床经验，对于我国的特发性膜性肾病患者，提出了以下的治疗建议：
蛋白尿小于3.5g每天的患者，应严格控制血压，以acei为基本的用药，如贝那普利，可用20-30mg/天，同时接受合理的生活指导，定期复查。
尿蛋白在3.5-6g的每天，且肾功能正常的患者，除上述治疗以外，应由肾脏专科医生对其密切观察六个月，病情无好转应接受免疫制剂治疗。
尿蛋白大于6g/天以及尿蛋白在到3.5-6g/天，但肾病综合症症状突出或肾功能不全的患者，应立即接受免疫抑制剂治疗。首选激素，如泼尼松40-60mg/天，联合ctx，累计量约为8克。效果不佳的患者可使用小剂量的环孢素或者吗替麦考酚酯治疗，后两种用药时间应在半年以上。血肌酐大于352umol/L的患者，或已有弥漫性的肾小球硬化，广泛间质性的纤维化患者不应接受上述治疗。
