病毒性脑炎的诊断有赖于排除颅内其他非病毒性感染,瑞氏综合征等急性脑部疾病后确立。少数患者若明确的病发与某种病毒性传染病或脑脊液检查,证实特异性病毒抗体阳性者可支持颅内病毒性感染的诊断。
一颅内其它病原体感染,主要根据脑脊液外观,常规生化和病原学检查与化脓性结合性隐球菌性脑膜炎鉴别,此外合并膜下积液者支持婴儿化脓性脑膜炎。发现颅外结核病灶和皮肤被pd阳性有助于结核性脑膜炎的诊断。
二瑞氏综合症,因急性脑病并表现和脑脊液无明显,使两病易相互混淆。但依据瑞氏综合症无黄疸而肝功能明显异常,起病后三到五天并且不再进展,有的患者血糖降低等特点可与病毒性脑炎鉴别。