小型的室隔缺损预后是良好的,但可能合并感染性的心内膜炎。大约30%到50%的膜部和肌部室间隔缺损,随着年龄的长大而自动闭合。
一般在五岁以内,尤其在一岁以内,动脉瓣下的室间隔缺损罕见有自然闭合的。室间隔缺损较大如果没有及时的治疗临床症状明显,患儿可以因为并发肺炎或者心力衰竭而死亡。部分患儿因大量的左向右分流引起肺动脉高压,后者可以使分流量减少,肺部充血症状减轻,使右室压力增高,从而导致漏斗部肌肉肥厚,造成肺动脉口狭窄,临床上出现发干,类似法洛四联症。大型的室间隔缺损,如果没有获得治疗,随着年龄的增长,肺动脉压力不断增高,造成肺血管病变,最终可以发展为爱森曼格综合征。