(1)继发性肝癌：继发性肝癌与原发性肝癌比较，前者病情发展缓慢，症状较轻，常表现为多个结节型病灶，除少数原发癌在消化道者AFP可阳性外，一般为阴性。
(2)肝硬化：肝癌多发生在肝硬化的基础上。如果肝硬化病人出现进行性肝肿大，质硬而有结节，影像学诊断揭示占位病变，应反复检测AFP，严密观察。
(3)活动性肝病：以下几点有助于肝癌与活动性肝病的鉴别：
①AFP甲胎球蛋白检查和SGPT谷丙转氨酶必须同时检测，如二者动态曲线平行或同步升高，或SGPT持续升高至正常的数倍，则活动性肝病的可能性大；如二者曲线分离，AFP升高,SGPT正常或降低，则应多考虑原发性肝癌。
②影像学检查以B超为主，应反复动态观察，可配合CT和MRI(核磁共振)。
③必要时在B超下进行细针肝活检。
(4)肝脓肿：发病急，有感染中毒症状，肝区叩击痛和触痛明显，左上腹肌紧张，白细胞数常升高，B超可以探得肝内液平面。
(5)肝脏良性占位：肝血管瘤、多囊肝、肝包虫病等可用AFP、核素血池扫描和超声、CT等帮助诊断。肝腺瘤以女性发病较多，常有口服避孕药史而无肝病史。AFP多阴性，99mTc、MPI呈强阳性显象，则有较特异诊断价值。
(6)邻近肝区的肝外肿瘤：如胃癌、上腹部高位腹膜后肿瘤，来自肾、肾上腺、结肠等处的肿瘤，可在上腹部出现肿块，其鉴别主要靠影像学诊断和AFP，必要时需剖腹探查。
