小儿的再生障碍性贫血需要与急性白血病、风湿免疫病导致的全血细胞减少、病毒感染导致的全血细胞减少等相鉴别。小儿再生障碍性贫血与白血病的鉴别比较简单,进行骨髓穿刺检查,看骨髓当中是否有原始幼稚细胞,即可鉴别,再生障碍性贫血是没有原始幼稚细胞的,而白血病当中原始幼稚细胞大于20%。
再生障碍性贫血与风湿免疫病所导致的全血细胞减少,也需要进行鉴别,但是再生障碍性贫血骨髓是增生低下的,而风湿免疫病导致的全血细胞减少,骨髓往往是增生活跃的。此外,再生障碍性贫血,如果是全血细胞减少,也需要与病毒感染相鉴别。但是病毒感染所导致的全血细胞减少,往往是能够寻找到病毒感染的证据的。