第一，甲亢合并房颤时，首先要用药物控制甲亢和心率，通常不进行非药物的介入治疗。
第二，甲亢伴有快速型房颤的初发病例，暂时不适予复率治疗的这类患者，以房颤为首发症状的甲亢患者，针对甲状腺毒症，未能有效控制并发房颤的这类患者，治疗上应当首先考虑控制心室率，同时要注意胺碘酮所导致的甲状腺功能亢进和甲状腺功能减退，胺碘酮禁用于患有甲状腺疾病和碘过敏的患者当中，所以甲亢合并房颤的时候，应当积极治疗原发病，使甲亢得到有效控制，与甲亢相关的房颤有时候在不用药物纠正的情况下也可以完全恢复。治疗上应当选用抗甲状腺药物，比如硫脲类、碘剂、放射性的碘等等，必要的时候可以采取甲状腺手术来控制甲亢的发作。
第三，同时结合抗交感神经药物治疗，做到β受体组织剂全程足量应用，并且适时调整剂量，这是标本兼治的方法，大半部分的患者可以恢复成窦性心律，心室率控制的目标，静息状态下是60到80次每分，轻度活动不超过90次每分，中度活动可以在90到115次每分。
第四，对于甲亢合并房颤的老年患者，还要考虑到心肌缺血、房颤、心衰等因素的影响，进行全面、综合和整体的治疗，而且在合并房颤的患者当中，一定要做到出血和血栓风险的评估，适当的应用抗凝治疗。
