梗阻性肾病的肾脏病理特点是以炎症、肾小管萎缩和肾间质行为化为主要的特征,肉眼可见肾脏的表面是不平整的,有的出现水肿、苍白、肾盂积水、肾盂扩张、穹窿部的乳头、扁平、肾脏的皮质是变薄的,在肾病梗阻初期可以出现肾小管系统扩张,尤其是以集合管远端小管最为显著,而且上臂细胞扁平、肾小管缺血萎缩、集合单位减少、肾髓质破坏,并且有单核细胞浸润。
早期肾小球的变化比较小,但是随着肾病梗阻的进一步加重,肾积水形成肾小管扩张。肾小球也会出现变性,最终出现肾小球硬化、肾萎缩,在梗阻性肾病后期肾间质呈细微细胞增生和单核细胞浸润。