二者是两种不同的疾病，肾小球肾炎的发病机制，主要为免疫介导的炎症反应，而肾盂肾炎为病原微生物感染所致，主要为革兰阴性杆菌感染所引起的感染性疾病。
在临床表现方面，肾小球肾炎基本的临床表现为血尿、蛋白尿、水肿、高血压，急性的肾小球肾炎一般预后良好，能够完全治愈，但也有少数的患者，转为慢性肾小球肾炎，慢性肾小球肾炎的临床表现比较多样，早期患者可以没有任何症状，也可有乏力疲倦、腰部疼痛、纳差、水肿可有可无，一般不严重，血压正常或者是轻度升高，肾功能正常或者轻度受损，这种情况，可以持续数年甚至数十年，肾功能逐渐恶化，并出现相应的临床表现，比如贫血、血压增高等，最终发展为慢性肾衰竭。
肾盂肾炎包括急性和慢性，急性肾盂肾炎主要的临床表现为发热、寒颤、头痛、全身酸痛、恶心、呕吐等，体温多在38度以上，尿频、尿急、尿痛、排尿困难、下腹疼痛、腰痛等，尿液检查尿中白细胞细菌数升高、尿细菌学检查为阳性。
慢性肾盂肾炎的临床表现比较复杂，半数以上的患者有急性肾盂肾炎的病史，之后出现程度不同的低热，间歇性的尿频，排尿不适，腰部酸痛以及肾小管功能受损的表现，比如夜尿增多、低比重尿等，病情持续可以发展为慢性肾衰竭。
