隐性脊柱裂的发病机制有神经管的闭锁。从胚胎时期到十九天开始,大约需要十天左右的时间。
由中胚叶分化成的椎板与基板共计42对,从第四体节到第七体节逐渐愈合,首先在24天左右,前神经孔壁锁,随后26天左右,后神经孔闭锁。在这期间神经管与皮肤外胚叶间存在的中胚叶组织形成脊柱骨,脊柱骨愈合完成是在胚胎八周左右。
随后神经胚形成结束,覆盖皮肤外培液的前神经管进一步向尾端延长。在这期间以神经外胚叶和中胚叶为起源,位于神经管尾端的未分化的细胞集团中产生空泡化,随后这些空泡逐渐融合形成管状结构,两神经管最终结合,进一步形成一条脊髓原基,在这过程称为造管。
脊髓尾端发生退行性变形,形成脊髓终丝。脊髓的退行性是在身后,依旧进行。其结果是位于终丝头侧部的,脊髓圆锥的位置渐渐上移。