首次发生的急性肾盂肾炎的致病菌80%为大肠埃希菌,在留取尿细菌检查标本以后,应立即开始治疗,首选对格兰阴性杆菌有效的药物,72小时显效者,无需换药,否则按药敏结果更改抗生素,若病情较轻者可在门诊口服药物治疗,疗程10~14天,常用的药物有氧氟沙星、阿莫西林、头孢呋辛。
如果对于严重感染,全身中毒症状明显者,需要住院治疗,应静脉给药,常用的药物有阿莫西林、头孢噻呋钠、头孢曲松钠、左氧氟沙星,必要是联合用药氨基糖甙类抗生素,肾毒性较大应慎用,经过上述治疗若好转,可于热退后继续用药三天,再改为口服抗生素,完成2周疗程,慢性肾盂肾炎治疗急性发作时,同急性肾盂肾炎。