病毒性脑炎临床疾病比较迅速，但是其临床表现由于脑实质部位的病理改变，范围和严重程度而有所不同。
大多数患者因为弥漫性大脑病变，表现为发热反复，惊厥发作，不同程度的意识障碍和颅内压增高症状，惊厥大多呈全身性，但也可为局部性发作。
严重者曾经持续状态患者可有嗜睡，昏睡，昏迷深度，昏迷甚至去皮质状态等不同程度的意识改变。
若出现呼吸节律不规则和瞳孔不等大，要考虑颅内高压并发脑疝的可能性，半瘫痪表现，有的患者病变主要累积额叶皮质运动区。临床上则以反复惊厥发作为主要表现，伴和不伴发热，多数为全身性和机动性强直，一阵或者阵发性，少数表现为肌阵挛和强直性发作，可出现癫痫持续状态。
若脑部病变主要累及额叶底部裂叶边缘系统，患者则主要表现为精神情绪异常如狂，幻觉以及定向力，计算力与记忆力障碍。
多种病毒可引起此类表现，但有单纯疱疹病毒引起者最严重，神经细胞内一件含病毒抗原颗粒的包含体被称为急性包涵体脑炎合并惊厥与昏迷病死率高。
其他还有以偏瘫，单瘫，四肢瘫和各种不自主运动为主要表现，不少患者可能同时出现上述多种类型的表现，病变累及椎体束时出现阳性病理征。本病病程大多两到三周，多数完全恢复，但少数遗留癫痫，肢体瘫痪，智力倒退等后遗症。病毒性脑炎需要同化脓性脑膜炎，结核性脑膜炎，脑肿以及脑肿瘤进行甄别诊断。
