经皮肺穿刺活检并发气体栓塞非常罕见,但后果非常严重,发生原因与气体进入肺静脉有关。诱发因素包括术中剧烈的咳嗽,拔出针芯后未能及时连接注射器,病灶邻近较大的肺静脉或是穿刺针贯穿了肺静脉。经皮肺穿刺活检并发感染也很少见,严格的无菌操作可以避免感染发生。
经皮肺穿刺活检并发肿瘤种植转移,穿刺活检后肿瘤细胞沿着穿刺道种植转移到邻近的肺、胸膜、胸壁,但发生率比较低。使用粗针及反复穿刺发生种植的危险性高于细针穿刺,在退出穿刺针的过程中可以向穿刺道内缓慢的注入抗肿瘤药物或是用浸泡无水乙醇的吸收性明胶海绵来填塞穿刺道。