房颤合并冠心病患者的治疗难点在于抗凝治疗。房颤患者的心房收缩功能降低，血液瘀滞，红细胞聚集，形成红色血栓，冠心病患者的血栓则来自于冠脉斑块破裂、血小板聚集形成的白色血栓。在房颤患者中，阿司匹林及双联抗血小板治疗是无法预防卒中的，而且有出血风险。
大部分房颤患者都需要行抗凝治疗。房颤抗凝首先需要评估患者风险，如果≥1分的患者都需要抗凝治疗。合并冠心病的患者还需要抗血小板治疗，但数据提示推行双联或三联抗栓方案存在困难，主要的顾虑是出血风险。房颤合并冠心病患者抗栓首先需考虑冠心病的类型，是稳定性冠心病还是急性冠脉综合征，亦或是支架术后抗栓。
对出血风险较低(HAS-BLED0~2)患者，稳定性冠心病三联抗栓至少一个月(不超过6个月)，口服抗凝药（OAC）+氯吡格雷12个月，口服抗凝药抗凝终生;急性冠脉综合征患者三联抗栓6个月，OAC+氯吡格雷12个月;OAC抗凝终生。
对出血风险较高的患者，稳定性冠心病CHADS2VASc=1：OAC+氯吡格雷12个月，OAC抗凝终生;CHADS2VASc≥2：三联抗栓1个月，OAC+氯吡格雷12个月，OAC抗凝终生。急性冠脉综合征患者三联抗栓1个月，OAC+氯吡格雷12个月，OAC抗凝终生。
