先天性巨结肠的病因和环境因素是有一定关系的,比如环境因素占到了30%,包括在出生以前,出生时和出生后环境因素的影响。
有人报道早产儿因缺氧而发生巨结肠症,缺氧可发生严重的选择性循环障碍,改变早产儿未成熟远端结肠神经的细胞功能。有人报道手术损伤可能会引起巨结肠,也就是获得性的巨结肠。先天发育的因素主要占到了25%,胚胎学研究证实从胚胎第五周开始,来源于神经嵴的神经管原肠神经节细胞在沿迷走神经纤维由头侧向尾侧迁移的时候,在整个移行的过程中到胚胎第十二周完成,因此无神经级细胞症是由于胚胎第十二周发育停动所导致,停动越早无神经节的细胞长段就越长。