第一、睡眠性头痛，睡眠性头痛，是临床上少见的头痛类型，又称瞬时头痛或者是定时头痛，这些患者总是在夜间睡眠中，因为两侧短暂的头痛发作而被唤醒，伴恶心，但没有其他自主神经症状。头痛发作出现的，每晚基本相同的时间，有时在睡梦中，并且每晚不止一次发作。
第二、偏头疼，偏头痛可以出现在夜间睡眠或者是发生在睡眠不足的情况下，调查发现50%的偏头疼，发生在凌晨四点到上午九点。有的学者认为，偏头痛发作起源于做梦时，睡眠紊乱，被称为是引起偏头痛发作的常见诱因，同时偏头痛患者的睡眠障碍，患病率很高。
第三、丛集性头疼，丛集性头痛的这个发生，与睡眠期生物钟有明显的关系，随着昼夜节律变化，头痛像上了钟表发条一样，总是在每天相同的时间发作和缓解。丛集性头痛具有显著的时间特征，几乎每天在相同的时间，凌晨一到两点，下午一到三点，晚上九点是头痛发作的高峰。
丛集性头疼与睡眠有着独特的关系，约半数患者夜间痛醒的经历，头痛多在患者入睡后九十分钟左右发生。刚好是睡眠的第一个快速眼动相睡眠出现的时间，但有时也发生在非快速眼动像睡眠的第二期和第四期。
另外有研究显示，在头痛的丛集发作期，丛集性头痛患者的快速眼动相睡眠时间减少，而非快速眼动相的第三和第四期增加。
