首先要和急性造血功能停滞。因为小孩子在生长发育过程当中，他免疫力不健全，所以他容易感染，感染的时候有的时候，受到打击骨髓的时候，会停滞一段时间，这个时间一般是七七四十九天。在四十九天之内如果恢复了，同时我们也找到了感染源，给予相应的处理，这个时候他就不是再障，他就是急性造血功能停滞。所以我们再障确定诊断的时候，一定要除外造血功能，不要急于的上那种风险高的，或者是费用高的，或者是毒性大的一些药。家长现在经常来咨询到底要不要上药，我说如果孩子不重，你可以等等七七四十九天，度过了这个急性造血功能停滞期，看是否真正的再障，所以第一点，要和急性造血功能停滞。
再有一个就是和噬血细胞也要鉴别。也是感染，也是三系减低，但是噬血细胞通常是肝脾肿大，我们再障肝脾一点不肿大，还有它可以看到骨髓里边有噬血细胞，那么我们再障不会出现的。当然噬血细胞有噬血细胞的其他的一些诊断的指标，比方说铁蛋白的问题了，甘油三酯、纤维蛋白原血症，有没有肝功能衰竭，还有CD25，还有等等其他的噬血的一些诊断。那么还要和白血病的鉴别。白血病有的时候也是三系减低，但它也是肝脾肿大，骨髓穿刺一下就会看到很多的，就是白血病的细胞，这个也容易鉴别诊断。
但是有一个重要的鉴别诊断，在我们临床上也非常的棘手，就是说低增生的MDS。MDS是骨髓增生异常综合征，它不是不造血，它是瞎造，造出来的细胞没有功能，所以它也会三系减少，有的时候也会严重的感染，发烧、贫血，跟再障是一样的。但是这个时候，我们再生障碍性贫血，有再障的一些诊断的指标，通常我们会做一些染色体，基因的测序，有MDS的一些相应的临床表现。骨髓增生异常综合征，它治疗起来也非常非常的棘手，不像再障这么一个单一的，就是不造血，所以有相应的一个治疗的原则，我们要和MDS，尤其是低增生的MDS鉴别，这是最重要的几个鉴别诊断。
