因为肠结核和克罗恩病两种疾病的临床表现以及内镜表现非常相似，有时两种疾病的区分比较困难，但是这两种疾病的治疗方案和预后截然不同，因此必须将两种疾病仔细区分。我们可以从以下九个方面来进行区分：
第一、肠结核的肠外结核表现比较多见，而克罗恩病一般没有肠外结核的表现。
第二、病程方面：肠结核缓解与复发倾向不明显，克罗恩病缓解与复发倾向比较明显。
第三、肠结核的瘘管、腹腔脓肿、肛周病变少见，而克罗恩病可见。
第四、肠结核常没有病变节段性分布，而克罗恩病已有病变成节段性分布。
第五、肠结核的溃疡，常呈横行浅表而不规则状，而克罗恩病的溃疡多成纵型裂隙状。
第六、肠结核的活检抗酸杆菌染色阳性可以有助于诊断，可见到干酪性肉芽肿可以确诊肠结核，而克罗恩病的抗酸杆菌染色呈阴性，没有发现干酪性肉芽肿。
第七、肠结核结核菌素实验阳性，可以确诊肠结核，克罗恩病一般不呈强阳性。
第八、进行抗结核治疗之后肠结核的症状明显改善、内镜下面也可以看到有明显改善或好转，克罗恩病经抗结核治疗症状多没有明显改善、内镜所见也无改善。
第九、肠结核手术切除病变肠段及肠系膜淋巴结进行病理组织学检查可以发现干酪性肉芽肿因而可以确诊，克罗恩病不会发现干酪性肉芽肿，则可以排除肠结核的诊断。
