手术主要根据穿孔的部位、病变程度、患者的情况、总体考虑手术方法，以操作简单迅速，能达到目的，并且减少并发症为原则。
如果是胃十二指肠穿孔，可以行单纯的缝合术，就是急性溃疡及周围瘢痕化轻的溃疡穿孔，可以先切除溃疡边缘的坏死组织以及斑痕，然后做全层以及浆基层的双层缝合。
还有一类是彻底性手术，包括胃大部分切除，迷走神经干切除及选择性迷走神经切断术，胃远端部分切除术，胃空肠吻合术，加和不加迷走神经切断术等。
如果是胆道自发性穿孔，一般不做过多探查，只腹腔引流术，或者胆囊引流，或者胆总管囊肿引流。过六到八周后，行二期根治，目前也有一期根治的报道。
如果是小肠穿孔，如果是外伤导致小肠穿孔，可以做修补缝合或者切除缝合。
如果是炎症性小肠穿孔，炎症较轻的可以一起缝合穿孔部位。如果穿孔部位组织炎症较重，要行切除病变肠管，然后端端吻合。对于个别情况下，多发的长段穿孔，肠管严重炎性水肿，要做近端的小肠造瘘。
对于肿瘤性小肠穿孔，如果是小肠恶性淋巴瘤急性穿孔者，要做包括病灶在内的肠切除吻合术，如果是结肠穿孔一期修补或者切除缝合术，在损伤时间不超过六个小时，粪便污染轻，没有休克及严重的肠粘膜、血管损伤的情况下进行。
有以下情况要进行结肠造口术，患儿情况不稳定，腹腔污染严重，损伤超过六个小时，结肠多数损伤，组织血供差，伴有多脏器的严重损害，或者高速的火气伤，修补后外置术主要用于横结肠和乙状结肠损伤，因肠袢系膜肠易于游离，简单快捷，可用于病情较重的患儿。
