肢端肥大症需要与马方综合征相鉴别。该病为常染色体显性遗传性结缔组织疾病,病变主要累及骨骼和心血管系统,患者身材高、四肢细长、缺少皮下脂肪,常有高度近视、晶状体脱位和先天性心血管畸形等。另外,还应与先天性肾上腺皮质增生症相鉴别,病人出现特征性第二性征和两性畸形,生殖器过早发育,生长迅速,肌肉发达,体重增长快,骨骼发育加速,故青春期患者身材高于同年龄儿童,由于骨骼闭合较早,在青春期后身高反而低于正常人。
另外还应与体质性巨人相鉴别,该病常有家族史,可能与遗传有关。身高虽然远远高于正常人,但身体各部发育较匀称,性发育无异常,骨龄无延迟,蝶鞍不扩大,血浆生长激素不升高,无代谢障碍。