克罗恩病的手术适应征主要是完全肠梗阻、瘘管和脓肿形成、急性穿孔或无法控制的大出血。克罗恩病的手术治疗一般主要用于其并发症,因为克罗恩病有反复发作的趋势,即使手术切除以后还会再次发作,因此一般提倡是保守治疗。
克罗恩病如果出现了完全性的肠梗阻,此时需要急诊手术治疗,切除梗阻肠段,缓解梗阻。克隆恩病经常并发瘘管和脓肿形成,如果反复抗炎治疗无效,就要考虑手术切除。如果克罗恩病的溃疡较深,发生急性穿孔或者是溃疡引起大血管破裂,这时就需要急诊手术切除这一段肠管,在术后有时需要造瘘,利用造瘘口来排出粪便,减轻局部的压力,防止再次出现梗阻或者是出血。