本病为自限性的疾病,如果没有并发症预后大多良好,病程在一到两周左右,但也可以反复,少数的患儿恢复缓慢,如低热,淋巴结肿大、乏力等可以达到数周甚至数月之久,在这个病以后偶尔可有一段时间的持续性的疲劳,但是没有明确这与EB病毒引起的慢性疲劳综合征有关。
本病的病死率是1%-2%,是因为并发中枢和神经麻痹引起的呼吸衰竭所致,其他少数病患死亡于病发脾破裂、脑膜炎、心肌炎、肝炎,但是本病与单核巨噬细胞系统的恶性病不同,不会转化为淋巴瘤。
传染性单核细胞增多症如果发生在先天性免疫缺陷病的患儿可以迅速引起死亡。