克罗恩病的一般治疗强调必须戒烟。早期营养支持治疗：一般给予高营养低渣饮食，适当给予叶酸、维生素b12等多种维生素，重症患者可以给予要素饮食和全胃肠外营养，除营养支持外还有助诱导缓解。腹痛腹泻可以酌情使用抗胆碱能药物和止泻药。合并感染的病人可以给予广谱抗生素治疗。
药物治疗可以分为活动期治疗和缓解期治疗，活动期可以给予氨基水杨酸制剂，比如柳氮磺吡啶，柳氮磺吡啶仅适用于病变局限在结肠的轻中度患者；
美沙拉嗪能在回肠末端结肠定位释放，适用于轻度回结肠型及轻中度结肠型患者；
糖皮质激素，例如布地奈德，全身不良反应较少，可以作用于轻中度小肠型或回结肠型患者；
免疫抑制剂，比如硫唑嘌呤和巯嘌呤，适用于对激素治疗无效或对激素依赖的患者，对硫唑嘌呤和巯嘌呤不耐受的病人可试换用甲氨蝶呤。
抗菌药物，主要是硝基咪唑类和喹诺酮类药物。甲硝唑对肛周病变，环丙沙星对瘘有效。
生物制剂，英夫利息是促炎性细胞因子的拮抗剂。缓解期治疗也是使用氨基水杨酸制剂和或者是糖皮质激素。维持缓解治疗用药的时间可以长达三年以上。
再就是手术治疗，因为手术后复发率高，所以手术的适应症主要是针对并发症。
包括完全性肠梗阻、瘘管与腹腔脓肿、急性穿孔或不能控制的大量出血，这种疾病的预后经治疗可缓解，也可以自行缓解，但多数患者反复发作、迁延不愈，患者在病程中出现并发症而需要手术治疗，预后较差。
