骨髓增生异常综合征发病原因尚未明了,推测是由于生物化学物理等因素引起的基因突变,染色体异常使某个恶变的细胞克隆性增生,也以公认诱变剂如病毒、某些药物,如化疗药、辐射、放疗、工业反应剂、如苯、聚乙烯以及环境污染等有致癌作用。
诱变剂可引起染色体的重排或重排基因,也可能只因引起基因表达的改变导致骨髓增生异常综合征,但从细胞培养、细胞遗传学、分子生物学及临床研究均证实骨髓增生异常症是一种源于造血干祖细胞水平的克隆性疾病,其发病原因与白血病类似。
目前已证明至少两种淋巴细胞恶性增生性疾病成人t细胞白血病及皮肤t细胞型淋巴瘤,是由反转录病毒感染所致,亦有实验证明骨髓增生异常症发病可能与反转录病毒作用或细胞原癌基因突变、抑癌基因缺失或表达异常等因素有关。