细菌性痢疾主要与多种腹泻性疾病相鉴别,对于中毒性的菌痢应该与其他中枢神经系统的疾病所导致的感染性休克相鉴别,急性细菌性痢疾要注意与阿米巴痢疾等鉴别,最终的鉴别依据主要依赖于病原学的诊断。其他的细菌性肠道感染性疾病,如空肠弯曲菌以及大肠杆菌等感染也可以出现肠道感染的症状,鉴别有赖于粪便培养出不同的病原菌,也是确诊的依据。
另外,细菌性胃肠型食物中毒,因为进食的食物被一些细菌所污染,比如沙门菌、金葡菌、大肠埃希菌等,也可以出现相应的肠道症状,确诊还是有赖于病原学的诊断以及毒素的检测。对于中毒性的菌痢要注意和中枢神经系统感染,比如脑炎以及其他的一些特殊感染相鉴别。对于慢性菌痢要注意与肠道的一些肿瘤性疾病以及寄生虫性的疾病相鉴别。