军团菌常经供水系统、空调和雾化吸入治疗等引起呼吸道感染,因此应特别注意在这些传播途径上消毒灭菌。
如果病原体来自空调系统,则应对空调系统的冷却塔、蒸发器、输送管道等进行清洗,除去污泥杂物以及滋生的原虫、细菌,循环水需要进行消毒,常用的消毒剂为次氯酸钠,也可以用加热消毒法,水温50到60摄氏度需要维持3小时,水温65度时需要25分钟才能完全杀灭军团杆菌,可以通过锅炉加热使整个供水管道水温升到70摄氏度以上,随着冲洗所有的水龙头、淋浴喷头,也可以采用臭氧或者紫外线消毒。
中央空调系统在启用前及使用中应当经卫生防疫部门进行军团菌监测,发现污染有军团菌时要做消毒处理,装有空调的房间应该定时开窗通风,这是由于使用空调时房间门窗紧闭、室内空气流通不良,空气污染可以比室外高出数十倍数百倍,通风不良的环境又很适合微生物生长繁殖,不仅容易使人感染疾病,还会造成食物衣物的发霉变质。