革兰阴性杆菌为尿路感染最常见的致病菌,其中以大肠埃希菌最为常见,约占全部尿路感染的85%,其次为雷柏杆菌、变形杆菌、柠檬酸杆菌属等,约5%到15%的尿路感染由革兰阳性菌引起,主要是肠球菌和凝固酶阴性葡萄球菌。
大肠埃希菌最常见于无症状性细菌尿、非复杂性尿路感染或者是首次发生的尿路感染。
医院内感染、复杂性或者是复发性尿路感染、尿路器械检查后发生的尿路感染则多为肠球菌、变形杆菌、克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌所致,其中变形杆菌常见于伴有尿路结石的患者;铜绿假单胞菌多见于尿路器械检查后;金黄色葡萄球菌则常见于血源性尿路感染。
腺病毒可以在儿童和一些年轻人中引起急性出血性膀胱炎,甚至引起流行。此外结核分枝杆菌、衣原体、真菌等也可以导致尿路感染。