冷冻切片主要用于诊断病变的性质。手术中病理诊断的主要目的是确定是炎性病变还是肿瘤性病变。如果是肿瘤，需要进一步确定是良性的还是恶性的，而手术中病理诊断对于肿瘤的分型不一定很准确，只是为了确定肿瘤的性质，以决定手术的治疗方式。
第二个是可以诊断切除肿瘤的边缘是否还有残留的癌组织，术中送检最多的标本是乳腺癌、胃癌、肠癌、肺癌的断端以及耳鼻喉科和口腔科的肿瘤。胃肠癌切缘比较宽，最好距离肿瘤最近的切缘取材。
第三个是辨认组织，比如盆腔或者后腹膜肿瘤切除时有腔隙结构，需要做冷冻切片证实是否为输尿管组织。在先天性巨结肠症的时候，需要证实在手术切缘的肠壁是否有肌间神经节的存在。如果仍然没有神经节细胞，就需要再进一步的切除一段肠管，直到可以看到肌间神经节为止。
第四个是确定有没有淋巴结转移，比如，在乳腺癌的时候送前哨淋巴结，看看有没有转移，如果有转移，还要清扫腋窝淋巴结来决定手术的方案。
如果术前诊断与术中所见不一致的时候一定要送冷冻切片，它对决定手术方案起着决定性的作用。当然，冷冻切片它的诊断也有局限，主要是跟切片技术的缺陷和切片质量有有关系，还有取材也比较局限，还有就是它是要求在半小时左右的时间出诊断，如果(病理医师)没有经验很难胜任这项工作，有疑难和有交界性的病例，建议要等石蜡切片(诊断)。
