肛周脓肿的绝大多数原因仍然是由肛腺感染引起,肛腺开口于肛窦,位于内外括约肌之间,而肛窦的解剖结构又比较特殊,它是一个开口朝上的器官,也就是说成水杯状,容易残留粪便引起肛窦炎或者肛腺炎,在大便比较干结或者频繁腹泻情况下,容易引起肛窦以及肛腺的炎症,而炎症如果控制不佳会沿括约肌间隙向上,向下,以及向外扩散,形成肛周脓肿。
除此之外,一些其他疾病也会引起肛周脓肿,比如说溃疡性结直肠炎,克罗恩病以及血液病或者艾滋病人也容易诱发肛周脓肿。另外,对于肛周皮肤感染的破溃,损伤,以及肛裂,痔疮,都有可能引起肛周脓肿。