新型隐球菌是属于酵母菌,它在脑脊液、痰液或者病灶组织中呈圆形或者半圆形,直径约为5到20微米,它的四周包着肥厚的胶质样夹膜,这个菌以芽生方式繁殖,不生成假菌丝,芽生孢子成熟后脱落成独立个体。
新型隐球菌广泛分布于自然界,存在于土壤、水果、蔬菜、正常人皮肤和粪便中,在干燥环境中可以生存达数年之久,是人的主要传染源。
一般认为该病可经呼吸道,或者皮肤粘膜破损处侵入人体,经血液播散至脑骨骼和皮肤,有80%病例中中枢神经系统受损,可能是由于隐球菌从鼻腔沿嗅神经及淋巴管传至脑膜所致,正常人血清中存在可溶性抗隐球菌因子,而脑脊液中缺乏,所以利于隐球菌生长繁殖。