第一是和精神分裂症的鉴别。如果说患儿表现拒绝上学，但是理由是认为学校中不安全，感到有人骂他，有人嘲笑他，学校老师和同学对他不好，精神检查以妄想的思维障碍为主要表现，认为对自己不好的对象逐步的泛化，那么就应该考虑是精神分裂症的诊断。
第二就是儿童抑郁症。患有抑郁症的患儿可能会出现拒绝上学的一些表现，但是这一些患儿他具有情绪低落，容易激惹，兴趣减退，自我评价低，精神运动性迟滞等一些临床特征，并且可能会有一些消极观念或者行为。而学校恐惧症的患儿常常是以焦虑症状为主要表现，可以伴有一些抑郁症状，但是他主要是对学校产生强烈恐惧，如果说不上学在家表现是良好的。
第三个就是逃学。学校恐惧症患儿常常伴有一个比较明显的情绪障碍，一般来说学业上问题不大或者是品学兼优，自幼成长比较顺利，家庭条件比较好，父母对患儿期望比较高，过度保护，患儿对父母过分依赖，往往和学业负担过重、竞争激烈有关系，又得不到父母的关心反而常常被体罚，那么家族当中有一些神经症的患者，逃学儿童一般没有明显的情绪表露，而且常有其他的违纪行为，并且往往学业上长期困难，有些确实是患有一些注意缺陷多动的一些儿童，常常会出现一些品行障碍，表现逃学的一些行为，那么这个可以做一个鉴别。
