行为治疗的基本理念是认为人的行为都是由学习而获得更改增加或者是清除，通过行为治疗加强社交技能减少社交恐惧和焦虑，增加社会交往，可以使67%的儿童病情改善，并且可以有效维持比较长时间。
系统是脱敏疗法，对于治疗学校恐惧症还是有效果的，它的一些具体的内容是包括家长和学校积极配合，有计划的让孩子减轻对于学校恐惧心理，引起焦虑的环境不敏感以及逐步的暴露，因此儿童逐渐学会了解除更多的悲伤环境，不敏感包括了针对儿童制定一些具体的步骤，开始减轻对学校环境的担心，比如在学年开始之前参观一下学校的建筑，早些和老师、工作人员、同学接触，逐步的暴露应该设计制定进入学校的步骤，开学以后先让孩子先到学校附近走走，然后逐步地向学校靠近，进入学校感受上学的气氛，在下课以后坐在教室里，逐步的过渡到坐到教室里上课，可以采用简短的上学方法，周一、周三、周五上学，周二、周四在家，先下午去上学，然后过渡到全天上学，也可以有家长陪送到学校，有同学陪同上学等等。
开始的时候让孩子到学校的时间短一点，之后逐渐的延长或者是首先可以选择上自己喜欢的一两门课程，先下午上课半天，或者到图书馆儿或者老师的办公室，然后过渡到规律的学校生活，如果可能地让学生在学校里待一天，除非是有明显的一些生物学症状，对孩子有进步的时候多给表扬和鼓励，强化上学行为。
