快速眼动睡眠觉醒障碍的发病机制还不是很清楚,动物的实验中损伤脑球张力迟缓或者是它的下行通路导致快速眼动睡眠肌张力迟缓。人类大脑某些区域,比如边缘系统可能会参与暴力梦境和相关情境的情绪的产生。
有人研究发现,特发性的快速眼动睡眠觉醒障碍患者的纹状体多巴胺转运蛋白减低,帕金森病患者纹状体多巴胺受体严重减低,而相当数量的帕金森病患者早期有快速眼动睡眠觉醒障碍表现,因此就有假说认为就是纹状体多巴胺系统功能障碍可能就是和快速眼动睡眠觉醒障碍有关系。
但是快速眼动像睡眠及张力迟缓的相关的一些精确的解剖变化和病理生点仍然存在一些争议,快速眼动睡眠觉醒障碍的易感因素包括像男性年龄在五十岁及以上有潜在的神经系统疾病,或者是创伤后应激障碍等等。它的诱发因素包括服用药物,尤其是抗抑郁药文拉法辛、五羟色胺再摄取抑制剂、米氮平以及除安非他酮以外的其他的抗抑郁药、β受体阻断剂、胆碱酯酶抑制剂,司来吉兰。此外吸烟、头部外伤、暴露于杀虫剂等等,也是发生的环境危险因素。