肾盂肾炎分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎,均是由肾实质细菌感染所致。各类阴性大肠杆菌是最常见的致病菌,占70%到95%,其次是变形杆菌,其他的致病菌包括肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、凝固酶阳性葡萄球菌、金黄色葡萄球菌和链球菌。
葡萄球菌可以通过血液途径侵入肾脏引起肾脓肿,急性肾盂肾炎通常由尿路逆行感染引起,女性的尿道较短且接近肛门,因此尿道口周围的致病菌容易通过性交和阴道检查进入膀胱,因此容易出现逆行性肾盂肾炎感染。该病的易感因素有尿道梗阻、泌尿系畸形和结构异常,以及尿路器械的使用,尿道口周围有炎症病、灶机体抵抗力差。