引起肾盂肾炎的致病菌有多种,包括细菌、真菌、病毒、衣原体、支原体等,革兰阴性杆菌为肾盂肾炎最常见的致病菌,其中以大肠埃希氏菌最为常见,约占全部肾盂肾炎的85%。其次为克雷伯杆菌,变形杆菌,柠檬酸杆菌等,约有5%到15%的肾盂肾炎,由革兰阳性细菌引起,主要是肠球菌、凝固酶阴性葡萄球菌。
一般来说大肠埃希氏菌最常见于复杂性的肾盂肾炎,或者首次发生的肾盂肾炎,医院内发生的肾盂肾炎。复杂性的肾盂肾炎,尿路器械检查以后,出现的是肾盂肾炎多为肠球菌、变形杆菌、克雷伯杆菌,和铜绿假单胞菌所致。其中变形杆菌常见于伴有尿路结石的,铜绿假单胞菌多见于尿路器械检查以后,金黄色的葡萄球菌则常见于血源性的肾盂肾炎。