在临床上引起肾盂肾炎最常见的致病菌为革兰阴性杆菌,其中以大肠埃希菌最为常见,约占全部肾盂肾炎的85%,其次为克雷伯杆菌、变形杆菌、柠檬酸杆菌等。另外约有5%到15%的肾盂肾炎由革兰阳性细菌引起,主要的是肠球菌、凝固酶阴性的葡萄球菌。
大肠埃希菌最常见于非复杂性的肾盂肾炎和首次发生的肾盂肾炎。医院内的肾盂肾炎、复杂性的肾盂肾炎、尿路器械检查后出现的肾盂肾炎,这多为肠球菌、变形杆菌、克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌所导致。
另外其中变形杆菌常见于伴有尿路结石者,铜绿假单胞菌这多见于尿路器械检查以后,金黄色的葡萄球菌最常见于血液性的肾盂肾炎,此外结核分支杆菌、衣原体、真菌也可以导致肾盂肾炎的发生。