革兰阴性杆菌为急性肾盂肾炎最常见的致病菌,其中以大肠埃希氏菌最为常见,占全部急性肾盂肾炎的85%,其次为克雷伯杆菌、变形杆菌、柠檬酸杆菌等,另外约有5%到15%的急性肾盂肾炎由革兰阳性细菌引起,这其中主要是肠球菌和凝固酶阴性的葡萄球菌。
大肠埃希菌最常见于非复杂性急性肾盂肾炎感染和首次发生的急性肾盂肾炎感染。医院内感染复杂性的急性肾盂肾炎,尿路器械检查以后发生的急性肾盂肾炎,这都为克雷伯杆菌和铜绿假单胞菌所致。
其中闭经杆菌常见于伴有尿路结石症,铜绿假单胞多见于尿路检查以后,而金黄色的葡萄球菌常见于血源性的尿路感染。