该病大多数为肠道病毒感染,其次为腮腺炎病毒及淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒,少数为疱疹性病毒,包括单纯疱疹病毒及水痘带状疱疹病毒,此外传染性单核细胞增多症病毒及巨细胞病毒,偶可导致本症。
肠道病毒是一种最小的无被膜病毒,可在污水中较长时间生存,人类为肠道病毒的天然宿主,肠道病毒一旦进入人体,可以进入细胞包脂,并破坏及杀死细胞。肠道病毒一般分为三种,即脊髓灰质炎病毒、柯萨奇病毒及埃可病毒,此外还有尚未分类的肠道病毒。
而这几种肠道病毒均有许多亚型,如柯萨奇病毒有a型及b型,但两型均可引起病毒性脑膜炎,并偶可引起脑炎及急性小脑性共济失调。埃可病毒可在正常粪中经细胞培养分离出来,一般并无致病,埃可病毒有三十余种血清型。