原发性肺脓肿最常见感染的细菌是上呼吸道、口腔的定植菌,常见的其它病原体有金黄色葡萄球菌、肺炎球菌、克雷伯杆菌、铜绿假单胞菌及军团菌等。
肺脓肿形成的常见原因为细菌从口咽部进入巨肺内引起感染机体,有多种机制预防这类感染。所以肺脓肿仅发生于些防御功能降低时如意识丧失,镇静剂所致的严重嗜睡,醺酒和神经系统疾病患者,通常细菌来源于牙龈疾病,一旦发生吸入即使正常的唾液,易含有足以引起感染的细菌,有时尤其是年龄大于四十岁的人可因肺部肿瘤阻塞气道而发生肺脓肿。
某些细菌引起的肺炎,如金黄色葡萄球菌,军团菌和真菌均可发生肺脓肿,免疫系统功能低下者。尚可有不常见的微生物介导,发病少见的原因有感染性肺栓塞和血源性感染。