小儿假膜性肠炎是由两种菌群产生毒素所导致的,难辨梭状芽孢杆菌与抗生素相关的假膜性肠炎的重发原因,首先从婴儿的粪便中分离出来的严格厌氧的革兰性杆菌,这种细菌是体内常驻细菌,存在于正常人的肠道中,在未接受抗生素治疗的患者中,男变性索状芽孢杆菌数量仅在厌氧菌的2%到3%,细菌产生的毒素少,甚至不产生对人体致命的毒素。
还有就是凝固酶阳性的溶血性耐药金黄色葡萄球菌,当使用大量广谱抗生素后,比如土霉素、氯霉素、四环素、先锋霉素等,抑抑制了肠道内包括大肠杆菌在内的各种菌群,耐药要的黄金色葡萄菌,大量繁殖生产主外毒素,导致假膜性肠炎的发生。