一项来自意大利的研究显示一型的系膜毛细血管性肾小球肾炎患者的十年肾脏存活率不足65%。另一项来自英国的研究显示,持续肾病综合症状态的一型系膜毛细血管性肾小球肾炎患者的十年肾脏生存力为40%,非肾病综合症者为85%。
与一型系膜毛细血管性肾小球肾炎预后相关的因素包括高血压,肾功能受损,生命综合症和细胞新月体的形成。二型系膜毛细血管性肾小球肾炎的预后较一型差,这可能是由于电子致密物的沉积,可能与新月体肾炎和慢性间质性肾炎相关。二型系膜毛细血管性肾炎临床缓解者少,见于不足5%的儿童患者,通常在疾病八到十二年进入肾衰竭。