一、传染性单核细胞增多症，为EB病毒感染所致，血常规也是白细胞升高但以淋巴细胞为主，C反应蛋白多正常或轻微升高，扁桃体上为白色膜状物。
二、咽结合膜热，为腺病毒感染所致，实验室血常规检查可以和化脓性扁桃体炎一样，很难鉴别，但扁桃体上的是白色片状物，而化脓性扁桃体炎为黄白色脓点或脓栓。
三、疱疹性咽峡炎，为柯萨奇病毒感染所致，当疱疹长在扁桃体上时容易误诊，血常规和C反应蛋白也难以鉴别，但疱疹性咽峡炎除扁桃体上可有疱疹外，咽峡部、上腭等处也可见数枚白色米粒状疱疹，周围有红晕。
四、小儿的鹅口疮，为白色念珠菌感染所致，详细查体可鉴别。
五、扁桃体激化增生，由于扁桃体反复炎症，有部分患儿扁桃体上可见一粒白色物体，擦之不去，持续时间较长，但临床无明显不适。
六、食物残渣，当看到扁桃体上有白色物体时，不确定时一定得漱口再看。
七、猩红热，为A群β溶血性链球菌引起，查体可见在充血肿胀的扁桃体上出现灰色或褐色假膜，易拭去，下层红，不出血，咽黏膜呈弥漫深红色，软腭上有散在的红点，颈部淋巴结肿大，有时化脓，全身大数淋巴结也可肿大，患者恶寒、高热、头痛、呕吐，可有弥漫细小充血性斑丘疹，杨梅舌。
八、葡萄球菌烫伤样综合征，为葡萄球菌感染后免疫因素引起的，此病查扁桃体部分可见扁桃体有白色分泌物。
九、咽白喉，为白喉棒状杆菌感染所致，很少见，咽轻痛，也可见外周血白细胞计数无明显变化，
其他因素如化脓性咽炎、扁桃体周围炎都可导致与急性化脓性扁桃体炎类似的症状。
