感染性急性小管间质性肾炎出现急性肾功能衰竭时,需要和肾血管炎、急性肾小管坏死、急进性肾小球肾炎,粥样硬化栓塞肾病和急性链球菌感染后肾炎进行鉴别,这些疾病均可以发生肾衰竭,但应有原发病的临床特点,如急性肾小管坏死、少尿或无尿的时间长,急性肾小球肾炎通常在感染后一到三周发病,血尿和高血压见于90%以上的病例,有肾炎性水肿和一过性的低补体血症。
急进性肾炎通常亚急性起病,病变进行性加重,鉴别有困难时可以行肾活检来鉴别诊断,急进性肾炎约半数以上有新月体形成,另外还应当与肾结核鉴别,肾结核可有肺和肺外结核,尿中可以找到结核杆菌,尿培养有结核菌生长。