IgA肾病的自然病程差异很大,有研究显示大约三分之一的临床表现和病理改变轻的患者,可有临床缓解,但目前大多数的研究认为,IgA肾病并非一类良性病变,各国关于IgA肾病,十年肾脏生存率的报告有明显不同,欧洲、亚洲和澳大利的报告为81%到87%,而来自美国的报告为57%到67%。
平均而言23%的IgA肾病可临床缓解,20%的患者,十年后进展至终末期肾衰竭,30%于二十年后出现终末期肾衰竭,而另外30%表现为不同程度的肾功能下降,IgA肾病已经成为引起终末期肾衰竭,特别是青壮年患者终末期肾衰竭最常见的病因之一。