气管、支气管结核的诊断依据，是除了具有结核病的临床表现外，还需要具备支气管镜下见到气管结核的典型表现。检查抗酸杆菌是阳性，或者病理符合结核表现。支气管镜检查是诊断支气管结核的重要方法。它可以直接观察到支气管内的病变情况，明确支气管结核的临床分期，以指导临床的治疗，同时可以对病变部位进行活检，对支气管内分泌物做一个涂片及结核分支杆菌的培养，来进一步明确诊断。
临床上发现有些患者，在确诊气管、支气管结核的时候，已经形成了肺不张，其次这个病早期的诊断是比较难的，因此临床上在有下列情况存在的时候，应该警惕是否有气管支气管结核。
第一、有刺激性的干咳症状，经抗炎治疗两周后没有明显的好转，或反复出现的干咳症状。即使胸片检查没有异常的时候，也应该注意到查痰找结核杆菌，必要的时候做纤支镜检查，明确是否有支气管内膜的病变。
第二、病因不明的肺不张者，或者肺内病灶呈沿气管播散状，应该将痰结核分支杆菌，和纤支镜检查列为常规的检查项目。
第三、抗结核治疗后，肺内的病变吸收明显。但是咳嗽的症状没有明显好转的时候，应该做一个纤支镜检查。
第四、正规的抗结核治疗后，在排除了耐多药结核病等其他影响病灶吸收的情况后，如病变的吸收不明显，应该做一个纤支镜检查。观察是否存在影响病灶吸收、好转的气管支气管局部因素。
第五、纵膈淋巴结结核出现，淋巴结液化或者是压迫气管，支气管管腔的时候，或者是肺内新近出现了，播散性病灶的时候。
