慢性便秘从病因上可以分为器质性和非器质性两类，所谓器质性便秘，是指基于消化道疾病，内分泌代谢疾病，药物及化学品中毒，神经系统疾病等所致的便秘。如果慢性便秘无上述等明确病因，则为非器质性便秘，后者在有慢性便秘史的人群中约占50%。
器质性便秘的病因主要包括有：
一、肠管器质性病变，如肿瘤，炎症或其它病因引起的肠腔狭窄或梗阻。
二、直肠肛门病变，直肠内脱垂，痔疮，直肠前膨出，耻骨直肠肌肥厚，耻直分离，盆底病等。
三、内分泌和代谢性疾病，如糖尿病，甲状腺功能低下，甲状旁腺疾病等。
四、系统性疾病，如硬皮病，系统性红斑狼疮等。
五、神经系统疾病，如中枢性脑部疾患，脑卒中，多发硬化脊髓损伤以及周围神经病变等。
六、肠管平滑肌或神经炎性病变。
七、结肠神经肌肉病变，假性肠梗阻，先天性巨结肠，巨直肠等。
八、神经心理障碍。
九、药物性因素，如铁剂阿片类药物，抗抑郁药，抗帕金森病药，钙通道拮抗剂，利尿剂以及抗组胺药物等。
非器质性便秘的病因主要有以下几类：
一、功能性便秘。
二、功能性排便障碍。
三、肠易激综合征便秘型。
引起上便秘的因素可能与精神压力过大，进食较少，特别是膳食中纤维素含量过少，运动量过少等有关。
