由于结石使尿液瘀滞，易并发感染，同时结石作为异物，促进感染的发生，感染可加速结石的增长和肾实质的损害，两者形成恶性循环，对肾功能造成严重的破坏，在未祛除结石之前，感染不易控制，严重者可并发菌血症或脓毒血症，甚至危及患者的生命。
所有的结石患者都必须进行菌尿检查，必要时行尿培养。
当菌尿实验阳性或者尿培养提示细菌生长或者怀疑细菌感染时，再取石之前应该使用抗生素治疗。
对于梗阻表现明显，集合系统有感染的结石患者，需进行置入输尿管支架或经皮肾穿刺造瘘等处理，上尿路结石梗阻并发感染，尤其是急性炎症期的患者不宜碎石，否则易发生炎症扩散，甚至出现脓毒血症，必须先控制感染，而此类患者单用抗生素又难以奏效，此时亦不宜行输尿管镜取石，通过经皮肾微穿刺造瘘及实行梗阻以上尿路引流和减轻炎症，使炎症易于控制，避免感染与梗阻造成肾功能的进一步损害。
经皮肾微穿刺造瘘术的应用，扩大了体外冲击波碎石及腔镜取石的适应症和减少并发症，提高成功率，两者合并应用是上尿路结石梗阻伴感染的治疗方法。
结石并发尿路真菌感染是临床治疗的难点，常见于广谱抗生素使用时间过长，出现尿路真菌感染时，应积极应用敏感的抗真菌药物，但是全身应用抗真菌药物毒副作用大，可能加重肾功能的损害。采用局部灌注抗真菌药物治疗上尿路结石并发真菌感染，是控制真菌感染的好方法。
