慢性肾盂肾炎的病理生理改变包括肉眼血尿,可见肾萎缩,萎缩程度决定于病变的严重性和均匀性,肾表面瘢痕形成凹凸不平,肾被膜苍白且难以剥离,在肾纵横切面,这些都是慢性肾盂肾炎病因,病变轻微者大部分区域仍保留正常的皮质和髓质,而病情严重者,炎症与纤维化广泛地破坏肾正常结构,肾盂黏膜苍白和纤维化。
显微镜检查:可见肾实质内有大量浆细胞及淋巴细胞浸润,肾小管呈不同程度的退行性变,部分肾小管扩张,其内含蛋白质分泌物,受累的肾小球发生纤维变性和明显的透明样变,常有动脉和小动脉壁增厚,除瘢痕形成区和慢性炎症区外,还可见斑块状急性炎症病灶,这样就使扩张肾盏之上的肾实质瘢痕变得不太典型。