病毒性脑炎所致精神障碍应以病因治疗为主，在此基础上进行对症治疗。
1.一般支持治疗：应鼓励病人进食或鼻饲高质量蛋白质食物，应补充足够的补充维生素C及B族维生素，及时纠正水、电解质及酸碱平衡失调，防治褥疮及肺部、泌尿系统感染。
2.抗病毒治疗：可试用抗病毒药物如阿糖胞苷、阿糖腺苷等。
3.使用肾上腺皮质激素：肾上腺皮质激素具有减轻炎症，抑制自身免疫反应，维持血脑屏障的完整性，稳定溶酶体膜，不使细胞自溶和坏死，以及降低毛细血管的通透性，减轻脑水肿，降低颅内压等作用。因而，使用激素不仅能缓解全身中毒症状，而且更重要的是能减轻神经组织的损害，使用激素时应注意禁忌证及副作用，继发细菌感染时可适当加用抗生素。
4.神经细胞活化剂的应用：如胞二磷胆碱500到1000毫克加入5%的葡萄糖溶液中静脉滴注，每天一次。同时，还可辅以ATP、辅酶A、细胞色素C、肌苷、脑活素等。
5.对症治疗：高热者可采用物理降温，颅内压增高者可使用高渗性脱水剂如甘露醇，必要时也可肌肉或静脉注射速尿。抽搐者应予以脱水、止痉、激素，必要时进行人工冬眠治疗，精神症状明显者，可给予小剂量抗精神病药物。
6.其他：中医中药治疗，高压氧治疗等，慢性期及后遗症期应进行特殊教育、劳动训练和功能锻炼，以促进康复。
