对于慢性疾病,反复发作性右下腹或者是脐周疼痛、腹泻、体重下降,特别是伴有肠梗阻、腹部压痛、腹块、肠瘘、肛周病变、发热等表现者,临床上应考虑本病。
本病诊断主要根据临床表现、x线检查、结肠镜检查、和活组织检查所见,进行综合分析。表现典型者在充分排除各种肠道感染,或是非感染性炎症病变,及肠道肿瘤之后可作出诊断。对于初诊的不典型病例应通过随访观察,以求明确诊断。
鉴别有困难而又有手术指征者,可行手术探查、病理诊断,需要鉴别诊断的主要疾病有:急性发作的阑尾炎、慢性发作时与肠结核与肠道淋巴瘤。病变累及结肠者与溃疡性结肠炎进行鉴别,克罗恩病由于症状不是特别典型,所以鉴别诊断是非常重要的。