流行性出血热肾损害潜伏期为四到四十六天，典型病例的病程包括发热期、低血压期、少尿期、多尿期和恢复期五期。
一、发热期。起病多急骤，发热常在三十九到四十摄氏度，以稽留热和持张热多见，常持续三到七天。主要表现有全身中毒症状、毛细血管损伤、肾损害，表现为头痛、眼眶痛、腰背痛、全身肌肉关节疼痛、困倦无力，可以出现嗜睡、烦躁、抽搐，皮肤黏膜的充血、出血、渗出、水肿，包括三红表现为颜面、颈部、上胸部皮肤显着充血、潮红。水肿可以为出现皮下水肿、球结膜水肿和胸水、腹水等。典型出血点分布在腋下、前胸及后背皮肤，鼻出血、咯血、血尿及消化道出血。肾损害多在起病后一到两天出现，主要表现为蛋白尿，尿沉渣发现红细胞尿。
二、低血压期发生于病程的第四到六日，持续几天甚至六天以上，重者可以发生低血压或休克。
三、少尿期发生于病情的第五到八日，持续三到七天，少尿的程度与疾病的严重程度相关，此区出血现象加重，少数患者颅内及其他内脏出血，严重的患者出现高血容量综合征，表现为体静脉充盈、脉搏洪大、脉压增大、脸部涨红和心率增快。部分患者表现为高分解型急性肾衰竭、水潴留、高血压、充血性心力衰竭、脑及肺水肿等。
四、多尿期一般出现在病程的九到十四日，随着尿量的增多大多数患者的病情逐渐改善。
五、恢复期一般持续两到三个月，除多尿及尿浓缩功能减退外无其他症状体征，多数患者可恢复尿的浓缩功能，少数遗留慢性肾损害，高血压和心肌劳损。
